Энигматис 3 представляет собой атмосферное и доработанное продолжение полюбившейся мистической истории. Сюжет снова сталкивает пользователя с юной леди, которая продолжает вести поиски родных в таинственном городе, где на улицах редко встретишь жителей. Да и те, кто встречаются, имеют весьма странные пожелания и просьбы.

Как и в предыдущих частях, проект Энигматис 3 имеет механику «отыщи предмет», основанную на поиске и применении квестовых элементов. История начнется в портовом районе обновленного города, как обычно утопающего в мрачном и противном тумане. Повсюду слышны таинственные звуки, а сам игровой процесс сопровождается соответствующей музыкой, анимацией и звуками. По улицам ветер гонит листья и мусор, в небе мерцают звезды, кто-то далеко играет на рояле или скрипке… Начинайте следовать сюжетной линии и ищите, где можно раздобыть тот или иной предмет. Заглядывайте в старинные лавки и подвалы, смотрите на крыши и чердаки, заходите в закоулки. Полная версия игры предоставит доступ к более чем 60-ти высоко продуманных мест, в каждом из которых авторы игры спрятали предметы, ребусы и головоломки. Пользователю придется проявить терпение, смекалку и находчивость, чтобы приподнять завесу тайны и выручить главную героиню и ее родных из странных обстоятельств.  Иногда придется изрядно поломать голову, чтобы понять, как открыть двери, что подключить, зажечь, разрезать, придавить, нарисовать и так далее. Много основных и ненужных предметов, безделушек, антикварных вещей и своеобразных намеков. Присутствует система подсказок и несколько уровней сложности.